弘安４年（1281年）、元寇の役の際、河野通有（こうのみちあり）は氏神である大山祇神社（三島大明神）に戦勝祈願して出陣、大山祇神社の神使（しんし）、白鷺（しらさぎ）の導きによって勝利を得た。その帰陣にあたり、夢の中で受けたという神のお告げにより、武蔵国豊島郡に三島大明神の分霊をお迎えし、上野山内の河野氏の館に遷座鎮祭したことが始まりという。
慶安３年（1650年）、徳川三代将軍家光公より社地移転を命ぜられ、金杉村（現在の台東区根岸）に遷座。さらに宝永７年（1710年）、社地が幕府の御用地に指定されたため、浅草小揚町（現在の台東区寿）に遷座した。
しかし、氏神様が遠くて困るという氏子一同の念願から、分霊を金杉村字金杉町（現在の台東区下谷）に勧請。これが現在の三島神社である。三島神社の宮司は代々河野通有の子孫が奉仕している。
